Se registra que el imperio del tlatoani mexica Itzcóatl llegaba hasta las montañas que rodean a Quechultenango, donde había ordenado que se hicieran construcciones para definir los límites territoriales. Los propietarios de esas tierras eran los indígenas yopes, cuyos terrenos llegaban más allá de Malinaltepec, introduciéndose hacia San Luis Acatlán; por lo que se considera que Quechultenango pudo haber sido fundado por guerreros al servicio del rey de Tenochtitlan. Los nativos fueron indomables y no se tiene noticias de que hayan tenido encomendero en la Conquista.
En el Siglo XVII el capitán español F. de Oláez tomó para sí extensas tierras y fundó la Hacienda de San Sebastián Buenavista, que mantuvo la congregación de los indígenas y, posteriormente, dio origen al pueblo novohispano de Quechultenango.
Al instaurarse la provincia de Tecpan en 1811 por iniciativa de José María Morelos, durante el movimiento de la Independencia, Quechultenango quedó dentro de ella. Lo mismo sucedió al crearse la Capitanía General del Sur en 1821 después de consumada la Independencia, quedando dentro del Municipio de Chilapa.
En la Memoria de Gobierno del Estado de México de 1826, se fundó el Ayuntamiento en el pueblo de Quechultenango. Después, el 27 de octubre de 1849 se erigió el Estado de Guerrero como entidad federativa y en esa fecha Quechultenango fue segregado del Estado de México, siendo uno de los 38 municipios que integraron a la nueva entidad.